토지 및 토목설계를 전문으로 수행하는 많은 기업들이 주택단지 조성 프로젝트에 참여하고 있습니다. 하지만 이러한 사업 과정에서 자주 등장하는 실무적 질문 중 하나는 바로 “설계용역에 대한 부가가치세를 공제할 수 있는가?” 하는 부분입니다.
이 글에서는 주택의 규모에 따라 달라지는 부가세 공제 요건과 관련 사례, 그리고 실제 실무에서 부딪히게 되는 체크포인트들을 종합적으로 안내해 드립니다.
1. 부가가치세 공제의 기본 구조
✅ 과세사업 vs. 비과세사업
부가가치세법 제39조에 따르면, 사업자가 과세사업과 관련해 지출한 비용에 대한 부가가치세는 공제 가능합니다. 반대로 비과세사업과 관련된 비용에 대해서는 공제가 불가합니다.
| 과세사업 (상가 분양, 업무용 건축 등) | ✅ 공제 가능 |
| 비과세사업 (주택 임대, 국민주택 분양 등) | ❌ 공제 불가 |
2. 주택규모에 따른 부가세 과세여부
국내에서는 “국민주택 규모”를 기준으로 과세와 비과세가 나뉘며, 이 기준은 설계비를 포함한 각종 비용의 부가세 공제 가능 여부에 직접 영향을 줍니다.
📌 [기준] 전용면적 85㎡ 이하: 국민주택 → 비과세 대상
- 해당 주택에 대한 매입세액 공제 불가
- 설계비, 조성비용에 포함된 부가세도 공제 불가
📌 전용면적 85㎡ 초과: 고급주택 → 과세 대상
- 설계비 매입세액 공제 가능
- 사업자에게 공급하거나 분양 목적일 경우 VAT 공제 가능
3. 실제 사례로 보는 부가세 공제 적용
사례 ① : 국민주택 규모 주택단지 (84㎡) 분양용 설계
A토목설계사무소는 B건설사의 요청으로 30세대 규모의 주택단지 조성사업에 참여. 모든 세대는 전용면적 84㎡로 국민주택 규모에 해당. B사는 분양목적으로 개발을 추진.
📍 결과:
- 국민주택 규모로 비과세 공급 대상
- 따라서 설계비 관련 매입세액 공제 불가
- 세금계산서 발행 시 부가세 제외하고 공급가액만 청구해야 함
사례 ② : 고급주택 120㎡ 단독주택 단지 (사업자에게 공급)
C토지기술사무소는 D디벨로퍼의 고급형 단독주택 단지(전용면적 120㎡ 이상) 개발에 설계 참여. 분양 대상은 일반인이고, 전체 공급은 부가세 포함 과세 대상.
📍 결과:
- 고급주택이므로 과세 대상 공급
- 설계비의 부가세는 전액 공제 가능
- 세금계산서는 부가세 포함하여 발행
사례 ③ : 복합시설 개발 (상가 + 주택 혼합형)
E엔지니어링은 F건설사의 복합주거단지(지상 1층 상가, 2~5층 주택)의 토목설계를 수주. 전체 연면적 기준 30%는 상가, 70%는 주택.
📍 결과:
- 상가: 과세대상, 주택(85㎡ 이하): 비과세 대상
- 매입세액 중 30%만 공제 가능
- 세무조사 대비 분할계산 기준 명확히 정리 필요
4. 설계회사 실무자를 위한 체크리스트
| 주택 전용면적 확인 | 85㎡ 이하 여부 판단 | 건축설계도, 평면도 |
| 최종 용도 파악 | 임대인지 분양인지 확인 | 분양계획서, 사업계획서 |
| 수분양자 정보 확보 | 사업자 또는 일반인 여부 | 계약서, 수분양자 리스트 |
| 복합시설 여부 | 상가 포함 여부 판단 | 건축허가서, 용도별 연면적 비율 |
| 공급가액 구분 정리 | 세금계산서 구분 발행 필요 | 내부 정산표, 견적서 |
💬 자주 묻는 질문(Q&A)
Q1. 부가세 면세 대상인 주택임대사업자는 설계비 세금계산서를 받아도 되나요?
더보기세금계산서는 발행할 수 있으나, 부가세를 별도로 청구하면 안 됩니다. 과세 대상이 아니기 때문에 공급가액만 청구하는 것이 맞습니다.
Q2. 상가와 주택이 함께 있는 복합시설의 부가세 공제는 어떻게 계산하나요?
더보기통상 건축물의 연면적 또는 공급가액 비율 기준으로 공제 가능 매입세액을 산정합니다. 세무적 근거를 남기기 위해 분할 기준표를 보관하는 것이 좋습니다.
Q3. 공동주택 개발 과정에서 조경, 기반시설 공사비에 포함된 부가세도 공제되나요?
더보기**과세 대상 주택 공급(85㎡ 초과 또는 상업시설 포함)**이라면 조경·도로·조명 등 부대공사 비용의 부가세도 공제 가능합니다. 단, 국민주택 규모 전용 단지인 경우는 불가합니다.
부가세 공제 가능여부 요약표
| 주택 임대 목적 | ❌ 공제 불가 | ❌ 공제 불가 |
| 주택 분양 목적 | ❌ 공제 불가 | ✅ 공제 가능 |
| 상가 포함 복합시설 | ✅ (상가비율만) | ✅ (전체 가능) |
📝 맺음말
부가세 공제는 설계회사 입장에서 중요한 수익성 요소 중 하나입니다. 주택의 면적(85㎡ 기준), 최종 용도(임대 vs 분양), **공급 대상(일반인 vs 사업자)**에 따라 공제 여부가 갈리므로 계약 초기 단계에서 이를 명확히 파악하고 고객에게도 적절히 안내해야 합니다.
복합개발 또는 고급주택 중심의 사업이라면 설계비 부가세 공제가 가능하니, 세금계산서 발행 시점에 다시 한 번 계약 조건과 면적을 점검하시길 권합니다.